Transparency Kazakhstan
В конце 2010 года правительство Украины обвинило Трансперенси Интернешнл в подтасовке рейтинга «индекса коррупции» и в некорректном проведении аудита по деятельности правительства Юлии Тимошенко в Украине, вследствие чего новое руководство Украины по главе с Виктором Януковичем наняло независимых экспертов для повторной проверки. Сама организация назвала повторную проверку «охотой на ведьм», хотя годом ранее указывала на увеличение уровня коррупции в Украине в 2009 году (146 место), по сравнению с 2008 годом (134 место).
В сентябре 2017 года ректор Горного университета (Россия) Владимир Литвиненко подал иск к «Трансперенси Интернешнл — Россия», требуя опровергнуть информацию о коррупционном скандале, в котором он якобы был замешан. Суд встал на сторону истца и постановил, что «Трансперенси Интернешнл — Россия» обязана компенсировать Литвиненко моральный ущерб в 1 млн рублей. В феврале 2019 года стало известно, что организация так до сих пор и не выплатила штраф.
В январе 2017 года Секретариат Transparency International подтвердил, что его Международный совет директоров 10 января 2017 года принял решение лишить его американского партнера — Transparency International USA — своей аккредитации в качестве национальной главы в Соединенных Штатах. Transparency International USA присоединяется к числу филиалов, лишенных полномочий, среди которых и Transparency Croatia.
Утвержденной основой для дис-аккредитации было признание Советом различий в философии, стратегиях и приоритетах между прежней главой и Международным движением Transparency International. Также сообщалось, что TI-USA в США рассматривается как корпоративная группа, финансируемая международными корпорациями — теми же транснациональными компаниями, которые коррумпируют политическую систему США.
В апреле 2015 года TI защищал решение своей американской главы TI-USA дать Хиллари Клинтон Премию в области честности в 2012 году. Заявление TI последовало за докладом Национального общественного радио, в котором было указано, что Билл и Челси Клинтон, а также Фонд Клинтона не были «настолько уж честными».
Из-за «недоверия» глава TI в Хорватии была дисквалифицирована Советом директоров организации в ноябре 2015 года. В 2016 году несколько лидеров Хорватии оспаривали законность выборов главы. Президент обвинялся в фальсификации записей, конфликтах интересов и произвольном изгнании 10 членов организации, которые выступали против найма персонала с нарушениями правил организации. Руководство хорватского филиала в конечном итоге отозвало назначение президента.
В разные периоды времени Transparency International подверглась интенсивной критике за принятие миллионов долларов от компаний, которые занимались взяточничеством. В 2014 году компания Siemens предоставила Transparency International $3 млн, при этом данная компания была признана в 2008 году виновной в выплате взяток на территории Греции, Норвегии, Ирака, Вьетнама, Италии, Израиля, Аргентины, Венесуэлы, Китая и России, за что заплатила штраф на сумму более $1,6 млрд. Политика Transparency International запрещает принимать деньги от коррумпированных компаний.